Оба варианта широко применяются и каждое из решений имеет плюсы и минусы.
Плюсы варианта "3 сплита"
1) надежность (при выходе одного из строя, остальные продолжают работать);
2) три отдельных кондиционера проще монтировать, т.к. получаются минимальные по длине трассы и в условиях квартиры не всегда возможно развести трассы от одного наружного блока к всем внутренним;
3) три отдельных сплита могут одновременно работать в разных режимах: на "тепло" и на "холод";
4) как правило дешевле.
Минусы варианта "3 сплита"
1) Больше затрат электроэнергии. Мультисплит будет более экономичен;
2) Страдает эстетика, на фасаде будет висеть три наружных блока, а не один.

Минусы мультисплитов
1) длинные трассы, которые мы рекомендуем убирать в штробу;
2) стоимость решения выше, при прочих равных условиях.

Удачи Вам в подборе кондиционеров.